Oba owoce zawierają dużo błonnika pokarmowego, węglowodanów, witamin i minerałów. Są również bardzo podobne pod względem kaloryczności.
Cytryna zawiera znacznie więcej witaminy C, dlatego jest bardziej kwaśna niż limonka. Oba owoce zawierają również kwas cytrynowy.
Limonka i cytryna różnią się zawartością olejków eterycznych, co ma wpływ na ich smak. Limonka, w przeciwieństwie do swojego odpowiednika, jest lekko gorzka.
Cytryna dłużej się przechowuje, a jej właściwości smakowe pozostają niezmienne.
Limonka natomiast przechowuje się znacznie krócej — około dwóch tygodni. Tyle właśnie czasu zachowuje swoją wartość odżywczą.
W kuchni oba owoce są używane w ten sam sposób, choć różnią się między sobą. Cytrynę dodaje się do ryb, mięsa i sałatek, a limonka bardziej nadaje się do napojów i jako dodatek do sałatek.